跨院國際碩士學位學程延續跨院國際博士學位學程之模式，培養跨領域頂尖人才，結合國立清華大學各學院與跨領域的師資，與外國一流大學合作，引進國際課程、師資及其他優質教育資源，藉由跨院碩士學程的規劃給予學生多元修課空間，彈性化修業限制，打造跨界、跨領域的頂尖人才。

國立清華大學立校於中西文化激盪之際，不同學問的思辨，本土與國際的對話，滋養人才，學貫中西，貢獻人群，橫跨學術、藝術、文學、軍事、政治、經濟各領域，為本校傲人的傳統。然有鑑於台灣高等教育面臨的困境，我們必須積極爭取國外優秀師資的灌注，並且利用具吸引力的放寬限制，成為培育優秀人才的搖籃。高等教育須與國際接軌、面對競爭，避免在區域競合被邊緣化，因此與世界知名大學合作，藉此吸取辦學經驗，開拓學生國際視野，讓清華往世界一流學府更邁進。與外國一流大學合作，引進國際課程、師資及其他優質教育資源。

本學程為清華大學跨院招生班組，採中英文授課，本國生與外籍生兼收。入學時應就支援師資選擇指導教授，畢業由清華大學授予學生指導教授所屬之學院碩士學位。